โมโรมุสลิมและเขตปกครองตนเอง: ประสบการณ์จากฟิลิปปินส์

โมโรมุสลิมและเขตปกครองตนเอง: ประสบการณ์จากฟิลิปปินส์

ดร. ศราวุฒิ อารีย์ สถาบันเอเซียศึกษา จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

An International Workshop on Cultural Diversity,Regional Autonomy and Conflict Transformation May 29-30, 2006 Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand

Center for Peace and Conflicts Studies, Chulalongkorn University Department of Social Sciences and Humanity, Songkhlanakarin University Yala Islamic Studies College Research Center for Peace Building, Mahidol University

A Research Project on Multi-ethnic Democracy and Local Government Model in three southern border provinces of Thailand Supported by The Integrated Research Program, National Research Council Thailand

โมโรมุสลิมและเขตปกครองตนเอง : ประสบการณ์จากฟิลิปปินส์ เรียบเรียงโดย ดร. ศราวุฒิ อารีย์ สถาบันเอเซียศึกษา จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

	ภูมิหลัง
	ดินแดนโมโร ปัจจุบันเป็นที่รู้จักกันว่า “ฟิลิปปินส์ตอนใต้” ประกอบด้วยเกาะมินดาเนา ซึ่งเป็นเกาะที่ใหญ่ที่สุดเป็นอันดับสองของหมู่เกาะฟิลิปปินส์) หมู่เกาะซูลู ปาลาวัน บาซีลันและเกาะต่างๆที่อยู่ใกล้เคียง) ดินแดนโมโรมีพื้นที่ 116,895 ตารางกิโลเมตร ซึ่งมากกว่าหนึ่งในสามของเกาะฟิลิปปินส์ทั้งหมด มีประชาชนมากกว่า 20 ล้านคน ในจำนวนนี้ 12 ล้านคนเป็นมุสลิม ที่เหลือเป็นชาวที่ราบสูง (ชนพื้นเมืองที่อาศัยอยู่ดั้งเดิม) และผู้ตั้งถิ่นฐานชาวคริสเตียนจากเกาะลูซอนและวิซายาส 
	อิสลามมาถึงดินแดนโมโรในปี ค.ศ.1210 ซึ่งหมายความว่าอิสลามมาถึงก่อนที่เฟอร์ดินานด์ มาเจลแลน (ชาวโปรตุเกสที่ทำงานให้สเปน) จะนำศาสนาคริสต์มายังภูมิภาคนี้ในปี ค.ศ.1521 อิสลามได้ถูกนำเข้ามายังชาวโมโรโดยพ่อค้าชาวอาหรับและผู้เผยแผ่อิสลาม หลังจากที่อิสลามมาถึงได้ไม่นาน การปกครองแบบสุลต่านก็ได้ถูกสถาปนาขึ้นภายใต้การปกครองของสุลต่านโมโรเอง 
     	 ด้วยเหตุนี้ การเรียกร้อง “การปกครองตนเอง” ของชาวมุสลิมที่อาศัยอยู่ในเกาะมินดาเนา (Mindanao) จึงมีรากฐานความเป็นมาที่ยาวนานในประวัติศาสตร์  ในศตวรรษที่16 ผู้รุกรานชาวสเปน ซึ่งนำโดยเฟอร์ดินานด์ มาเจลแลนมาถึงฟิลิปปินส์ใน ค.ศ.1521 ซึ่งในขณะนั้นศาสนาอิสลามได้เข้ามามีบทบาทในหมู่เกาะฟิลิปปินส์แห่งนี้อยู่ก่อนแล้วราว 3 ศตวรรษ อำนาจและราชอาณาจักรสุลต่านมุสลิมแผ่ขยายครอบคลุมออกไปตั้งแต่เมืองโคตาบาตู (Cotabato) จนกระทั้งถึงกรุงมะนิลา ชาวสเปนเหล่านี้ไม่เพียงแต่เข้ามาประกอบธุรกิจการค้าในฟิลิปปินส์เท่านั้น แต่พวกเขายังพยายามเปลี่ยนชาวพื้นเมืองและชาวโมโร (Moros) ให้เข้ามายอมรับนับถือศาสนาคริสต์โดยใช้กำลังอีกด้วย ผลที่ตามมาก็คือ ชาวเกาะลูซอนและวิซายาสทั้งหมดได้เข้ารีตเป็นชาวคริสเตียน ในขณะเดียวกัน กองทัพสเปนก็เริ่มทำการพิชิตกองกำลังอิสลามทางตอนเหนือของประเทศ และเริ่มปฏิบัติการต่อต้านชาวโมโรในเกาะมินดาเนา และ ซูลู (Sulu) เสมือนเป็นสงครามครูเสดที่ยืดเยื้อยาวนานถึง 350 ปี
      	การปกครองอาณานิคมของสเปนต่อชาวมุสลิมและชนเผ่าท้องถิ่น (lumad) ในเกาะมินดาเนา เป็นไปอย่างไร้ประสิทธิภาพ ซึ่งต่อมาหมู่เกาะฟิลิปปินส์ รวมทั้งมินดาเนา และซูลู ก็ตกอยู่ภายใต้การดูแลของสหรัฐอเมริกาโดยได้รับการยินยอมจากสเปนภายใต้สนธิสัญญาปารีส (Treaty of Paris) ที่ทำขึ้นในปี 1898 โดยในสนธิสัญญาฉบับนี้ สเปนจะต้องยกฟิลิปปินส์ให้สหรัฐฯ แต่สิ่งที่น่าประหลาดก็คือ ถึงแม้สเปนไม่สามารถที่จะปราบพวกโมโรได้สำเร็จ แต่สเปนก็รวมแผ่นดินโมโรไว้ในข้อตกลงด้วย
	 การเปลี่ยนแปลงดังกล่าว นำมาซึ่งการต่อต้านอย่างรุนแรงโดยชาวมุสลิมทางตอนใต้ของฟิลิปปินส์ แต่พวกเขาก็ไม่สามารถตอบโต้อะไรได้มากนัก เพราะกองทัพสหรัฐฯนั้นมีแสนยานุภาพทางการทหารที่เหนือกว่ามาก ซึ่งเห็นได้ชัดจากการที่กองกำลังต่อต้านของกลุ่มมุสลิมติดอาวุธต้องพ่ายแพ้สงคราม Bud Bagsak ในปี 1913 
        	 สหรัฐฯปกครองอาณานิคมโดยใช้นโยบาย “ดึงดูด” (attraction) โดยมีเป้าหมายเพื่อให้ชาวโมโรให้เข้าไปรวมอยู่กับกระแสหลักของสังคมฟิลิปปินส์ ถึงกระนั้นก็ตาม การต่อต้านก็ยังคงเกิดขึ้นอยู่อย่างต่อเนื่องในทศวรรษต่อ ๆ มา (ต่อต้านการบริหารอาณานิคมของสหรัฐอเมริกา สหพันธรัฐฟิลิปปินส์ก่อนเอกราช [ตั้งแต่ปี1935] และรัฐบาลเอกราชของฟิลิปปินส์ [หลังจากปี1945])  

การผนวกดินแดนโมโรไว้กับฟิลิปปินส์

      	เป็นเวลากว่า 300 ปีที่สเปนพยายามที่จะปราบปรามหรือกวาดล้างมุสลิมโมโร หลังจากนั้นก็ตามมาด้วยความพยายามของสหรัฐฯอีก 47 ปี แต่ก็ไม่สามารถปราบปรามชาวมุสลิมได้สำเร็จ หลังจากนั้นสหรัฐฯ จึงเปลี่ยนไปใช้กลวิธีทางการเมือง ซึ่งทำให้สุลต่านโมโรหลายคนตอบสนองด้วยดี จนสุลต่านดาตุสถึงกับทำข้อตกลงโดยมีเงื่อนไขว่าสหรัฐฯ จะไม่เข้ามาแทรกแซงในกิจการท้องถิ่นของสุลต่านโมโรและดาตุส 
	จากเหตุผลนี้เอง จึงได้มีการลงนามในสนธิสัญญา “กิรอม-บาเตส” (Kiram-Bates) ขึ้นในวันที่ 2 สิงหาคม ค.ศ.1899  ข้อตกลงเช่นเดียวกันนี้ ก็ทำกับสุลต่านแห่งมากินดาเนาในวันที่ 2 มีนาคม ค.ศ.1904 อย่างไรก็ตาม ประธานาธิบดีรูสเวลท์ แห่งสหรัฐฯได้ประกาศยกเลิกสัญญาเหล่านี้แต่เพียงฝ่ายเดียวโดยไม่คำนึงถึงศีลธรรมและจริยธรรม 
	เมื่อฟิลิปปินส์ได้รับเอกราชจากสหรัฐฯในปี ค.ศ.1946 ชาวโมโรก็ได้คัดค้านอย่างรุนแรงต่อการนำเอาดินแดนโมโรไปรวมกับฟิลิปปินส์ด้วย แต่สหรัฐฯและชาวฟิลิปปินส์คริสเตียนก็ไม่ยอมฟังเสียงคัดค้านแต่อย่างใด 

การญิฮาดของชาวโมโรในปัจจุบัน

	การญิฮาดของชาวโมโรมี 3 ขั้นตอนด้วยกัน ขั้นแรก คือการญิฮาดต่อต้านการรุกรานของจักรวรรดิ์นิยมสเปน (ระหว่าง ค.ศ.1521-1898) เป็นเวลา 377 ปี ขั้นที่สอง คือการญิฮาดต่อต้านนักล่าอาณานิคมชาวอเมริกัน (ระหว่าง ค.ศ.1898-1946) เป็นเวลา 47 ปี ขั้นที่สาม คือการญิฮาดต่อต้านรัฐบาลฟิลิปปินส์ (ตั้งแต่ ค.ศ.1970 – ปัจจุบัน)
      	ในช่วงต้นของศตวรรษที่ 20 รัฐบาลแห่งชาติในกรุงมะนิลามองว่ามินดาเนาเป็นเสมือนพรมแดนใหม่ที่มีปัญหา รัฐบาลจึงพยายามส่งเสริมให้ผู้คนที่อาศัยอยู่ในเกาะลูซอน (Luzon) และวิชายาส (Visayas) (ซึ่งเป็นเกาะที่มีประชากรหนาแน่น) อพยพไปตั้งรกรากในเกาะมินดาเนา การอพยพดังกล่าวเป็นยุทธ์ศาสตร์อย่างหนึ่งของรัฐบาลในการส่งเสริมการเผยแพร่และผสมกลมกลืนทางวัฒนธรรมของประชาชนต่างถิ่นเข้าไปยังมินดาเนา และที่สำคัญเพื่อลดภัยคุกคามจากการก่อการกบฏของชาวโมโร และชนเผ่าพื้นเมือง
	ก่อนหน้านี้ มุสลิมโมโรได้ปกครองพื้นที่ของตัวเองในฐานะเป็นผู้ปกครองจังหวัดและเป็นผู้ว่าการมหานคร แต่หลังจากผู้ตั้งถิ่นฐานชาวคริสเตียนหลั่งไหลกันเข้ามาในดินแดนโมโร คนพวกนี้ ซึ่งได้รับการช่วยเหลือจากรัฐบาลมะนิลา ก็ได้เริ่มเข้ามายึดตำแหน่งที่มีความสำคัญทางการเมือง เศรษฐกิจและสังคม
      	อย่างไรก็ตาม ในช่วงต้นทศวรรษที่ 1970s การอพยพที่เป็นไปอย่างต่อเนื่องและเพิ่มมากขึ้น ส่งผลให้เกิดปัญหาความขัดแย้งและการปะทะกันบ่อยครั้งระหว่างผู้ที่อพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐานใหม่ กับมุสลิมและเจ้าของพื้นที่ดั้งเดิมตามตะเข็บชายแดนที่เชื่อมต่อกับนิคมใหม่ นอกจากนี้ยังมีอีกปัจจัยที่ทำให้มีการเผชิญหน้ากันรุนแรงมากยิ่งขึ้น อันได้แก่ปัญหาการล่วงล้ำเข้าไปในดินแดนของผู้นำมุสลิมโดยกลุ่มการเมืองที่ก่อตั้งขึ้น ผู้ที่อพยพเข้ามาใหม่ (ชาวคริสเตียน) และปัญหาระหว่างกลุ่มคู่แข่งทางการเมืองท้องถิ่น และบรรดาขุนศึก (warlords) กลุ่มต่าง ๆ
	นอกจากนั้น ยังมีกลุ่มนักรบติดอาวุธคริสเตียนนอกกฎหมายสร้างความรุนแรงต่อพลเมืองชาวโมโรที่ไม่ได้ติดอาวุธ โดยเฉพาะในพื้นที่ชนบท และมีการสังหารหมู่ชาวมุสลิมอย่างต่อเนื่อง  เมื่อสถานการณ์เป็นเช่นนี้ แน่นอน พลเมืองโมโรที่หวาดกลัวจึงจำต้องทิ้งบ้านและไร่นาของตนไปหาที่หลบภัยในพื้นที่ที่มุสลิมมีอำนาจ ด้วยเหตุนี้จึงเป็นโอกาสให้กลุ่มติดอาวุธชาวคริสเตียนเข้าไปยึดไร่และที่ดินของผู้อพยพชาวโมโร 
	ความจริง ดินแดนโมโรถือเป็นพื้นที่หนึ่งที่มั่งคั่งไปด้วยทรัพยากรธรรมชาติและแร่ธาตุนอกเหนือไปจากความอุดมสมบูรณ์ของผ่นดิน แต่ถึงกระนั้นชาวโมโรก็ยังคงล้าหลังทางด้านเศรษฐกิจเพราะถูกรัฐบาลฟิลิปปินส์ทอดทิ้ง นับตั้งแต่ฟิลิปปินส์ผนวกดินแดนโมโร รัฐบาลฟิลิปปินส์ได้นำความมั่งคั่งของโมโรไปใช้โดยทอดทิ้งชาวโมโรไว้ให้ยากจน 
     	 จากภูมิหลังที่ได้กล่าวไปข้างต้นนี้ จึงเป็นที่มาหรือจุดกำเนิดของกลุ่มแนวร่วมใหม่ที่เรียกตัวเองว่า กลุ่มแนวร่วมปลดปล่อยโมโร (Moro National Liberation Front : MNLF) ขึ้นมา
      	ในปี 1968 Datu Udtog Matalam ได้ก่อตั้งขบวนการกู้เอกราชมุสลิมมินดาเนา ( Muslim Mindanao Independence Movement) ขึ้นมา และในช่วงเวลาเดียวกันเยาวชนมุสลิมกลุ่มหนึ่งก็ลุกขึ้นก่อการจลาจล และเริ่มทำการฝึกซ้อมการต่อสู้ในลักษณะกองโจรใน Sabas [มาเลเซีย] เนื่องจากพวกเขาเชื่อว่าระบบการปกครองที่เป็นอยู่ มิได้ตอบสนองต่อการแก้ไขปัญหาความไม่พอใจและความทุกข์ยากของชาวมุสลิมแต่อย่างใด จนกระทั้งปี1969 กลุ่มเยาวชนดังกล่าวภายใต้การนำของ Nur Misuari กลายมาเป็นหัวใจสำคัญหลักของ กลุ่ม MNLF โดยมีหน่วยกองกำลังหลักที่ใช้ชื่อว่า Bangsa Moro Army
     	 และในตอนต้นของทศวรรษที่ 1970 นี้เอง ที่ภาคใต้ของฟิลิปปินส์นั้นเต็มไปด้วยการก่อการจลาจลโดยกลุ่มกบฏอย่างเปิดเผย และสถานการณ์ยิ่งเลวร้ายลงเมื่อรัฐบาลประกาศใช้กฎอัยการศึกในปี 1972 พร้อมทั้งเพิ่มกำลังทหารในการต่อสู้กับกลุ่ม MNLF 
      	การก่อความไม่สงบของชาวมุสลิมเหล่านี้มีเป้าหมายหลักเพื่อแยกดินแดนของชาวมุสลิมโมโร (Bangsa Moro) ให้เป็นมาตุภูมิของมุสลิม ซึ่งพวกเขาเห็นว่าดินแดนแห่งนี้เป็นของชาวมุสลิมมาแต่ดั้งเดิม ซึ่ง(ในขณะนั้น)ประกอบไปด้วย 23 จังหวัดจากหมู่เกาะมินดาเนา ซูลู และทางใต้ของปาลาวัน (Parawan) ถึงแม้รัฐบาลฟิลิปปินส์ภายใต้การนำของประธานาธิบดีมาร์กอส (Imelda Marcos) จะพยายามทำการเจรจาหาข้อตกลงกับกลุ่ม MNLF หรือพยายามใช้มาตรการต่าง ๆ เพื่อแก้ปัญหาที่เกิดขึ้น รวมทั้งการจัดตั้งหน่วยงานเพื่อพัฒนาพื้นที่ภาคใต้ของฟิลิปปินส์ (Southern Philippines Development) แต่ก็มิได้ทำให้สถานการณ์ดีขึ้น 
     	แม้แต่การเข้ามาแทรกแซงขององค์การการประชุมอิสลาม(Organization of Islamic Conference : OIC) ในนามตัวแทนของกลุ่ม MNLF เพื่อเจรจากับรัฐบาลฟิลิปปินส์ ก็ต้องประสบความล้มเหลวในการหาข้อยุติความขัดแย้งนี้เช่นกัน
      	ปัจจัยทางด้านเศรษฐกิจก็มีส่วนสำคัญที่ทำให้มุสลิมในมินดาเนาไม่พอใจรัฐบาล เนื่องจากแผนพัฒนาเศรษฐกิจในมินดาเนานั้น อำนวยประโยชน์ให้ผู้ที่ไม่ใช่มุสลิมมากกว่ามุสลิม นอกจากนี้ทั้งสองฝ่ายยังคอยกล่าวหากันว่าอีกฝ่ายหนึ่งละเมิดข้อตกลงหยุดยิง และขาดความจริงใจ
      	ในปี 1976 ความคืบหน้าที่จะนำไปสู่สันติภาพดูเหมือนจะประสบความสำเร็จในระดับหนึ่ง หลังจากการเจรจาหารื้อกันระหว่างมาร์กอส และประธานาธิบดี Gaddafi แห่งลิเบีย ซึ่งตามมาด้วยการลงนามร่วมกันระหว่างรัฐบาลฟิลิปปินส์ และกลุ่ม MNLF ในข้อตกลงทริโปลี (Tripoli Agreement) ณ ประเทศลิเบีย ข้อตกลงนี้ทำขึ้นโดยมีเป้าหมายเพื่อการหยุดยิง และเพื่อเตรียมมอบสิทธิการปกครองตนเองในเขตพื้นที่ภาคใต้ของฟิลิปปินส์ภายใต้ขอบเขตแห่งอำนาจอธิปไตย และบรูภาพแห่งดินแดนของสาธารณรัฐฟิลิปปินส์ เขตการปกครองตนเองตามข้อตกลงจะประกอบไปด้วย 13 จังหวัดจากเกาะมินดาเนา ซูลู และ ปาลาวัน ซึ่งขอบเขตของอำนาจรัฐ (รัฐบาลกลาง) และอำนาจในเขตปกครองของมุสลิมถูกจำแนกแยกแยะอย่างชัดเจน สำหรับอำนาจในการนิรโทษกรรมนั้นสามารถอนุมัติได้ภายในเขตปกครองตนเองเท่านั้น ในข้อตกลงยังได้บัญญัติไว้สำหรับการจัดตั้งกองกำลังรักษาความปลอดภัยพิเศษขึ้นด้วย 
     	 การแทรกแซงของประธานาธิบดี Gaddafi มีส่วนสำคัญเป็นอย่างมากที่ทำให้ กลุ่ม MNLF เปลี่ยนจุดยืนหรือยุทธศาสตร์ของตน จากเดิมที่ต้องการแบ่งแยกดินแดนออกเป็นเอกเทศ มาสู่การยอมรับสถานะภาพในการปกครองตนเอง
      	อย่างไรก็ตาม ต่อมากลุ่ม MNLF ก็ได้ถอนตัวออกจากการเจรจาที่จะนำเอาข้อตกลงทริโปลีมาปฏิบัติใช้ หลังจากที่ประธานาธิบดีมาร์กอสแสดงเจตนารมณ์ของเขาออกมาอย่างชัดเจนว่าจะจัดให้มีการลงประชามติในเขตที่ถูกเสนอให้มีการปกครองตนเองของชาวมุสลิมในมินดาเนา ซึ่งในที่สุดการลงประชามติก็ได้เกิดขึ้นท่ามกลางการคว่ำบาตรโดยกลุ่ม MNLF และผู้สนับสนุนของกลุ่ม ผลปรากฏว่ามีเพียง 4 จังหวัดเท่านั้นที่โหวตสนับสนุนการปกครองตนเอง หลังจากนั้นประธานาธิบดีมาร์กอสจึงได้ตอบสนองผลลัพธ์ดังกล่าวด้วยการจัดตั้งเขตปกครองตนเองขึ้น 2 เขต แต่ในความเป็นจริงรัฐบาลของทั้งสองเขตปกครองพิเศษยังคงขาดอำนาจและเงินทุนในการบริหาร จึงนับว่าเป็นรัฐบาลที่ยังคงขาดความน่าเชื่อถือ
      	ในช่วงเวลาเดียวกันก็เกิดความขัดแย้งขึ้นภายในกลุ่ม MNLF เอง ซึ่งทำให้มีการแยกตัวออกไปก่อตั้งกลุ่มใหม่ในปี 1977 โดยที่กลุ่ม Maguindanaon-Iranun  ภายใต้การนำของ Hashim Salamat ได้แยกตัวออกมาก่อตั้งกลุ่มใหม่โดยใช้ชื่อว่า แนวร่วมปลดปล่อยอิสลามโมโร  (Moro Islamic Liberation Front : MILF) และต่อมากลุ่มมินดาเนา และกลุ่มที่ค่อนข้างมีแนวคิดแบบอนุรักษ์นิยมทางการเมือง นำโดย Dimas Pundato ก็ได้แยกตัวออกมาเป็นกลุ่ม MNLF แนวปฏิรูป (MNLF-Reformist) อย่างไรก็ตาม MNLF ซึ่งนำโดย Misuari จากกลุ่ม Tausug-Samal ก็ยังคงเป็นกลุ่มใหญ่ที่สุด และได้รับการยอมรับจากรัฐบาลและ OIC ซึ่งได้อนุมัติสถานะภาพเป็นผู้สังเกตการณ์ของ OIC 
      	ในปี 1986 ภายหลังจากการลงจากตำแหน่งของประธานาธิบดีมาร์กอส หลังถูกปฏิวัติโดยประชาชน หรือเป็นที่รู้จักกันว่า “the People power Revolution of 1986” นาง คอราซอน อากีโน(Corazon Aquino) ผู้สืบทอดตำแหน่งประธานาธิบดีคนต่อมา ได้เริ่มการเจรจากับกลุ่ม MNLF ขึ้นอีกครั้งหนึ่ง ด้วยเหตุนี้ Misuari จึงกลับมายังฟิลิปปินส์เพื่อเจรจากับนางอากีโน 
      	หลังการปฏิวัติมวลชน รัฐบาลฟิลิปปินส์ได้มีรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ ซึ่งระบุมาตราพิเศษขึ้นมา  สำหรับการจัดตั้งเขตปกครองตนเองของชาวมุสลิมในมินดาเนา (Autonomous Region of Muslim Mindanao : ARMM) และสำหรับเขตปกครองตนเองตามแนวเทือกเขาทางตอนเหนือของลูซอน (Luzon) ที่ซึ่งมีการปะทะกันหนักขึ้นระหว่างรัฐบาลและประชาชนท้องถิ่นในช่วงปีท้าย ๆ ของรัฐบาลของนายมาร์กอส
      	อย่างไรก็ดี ถึงแม้ว่าประธานาธิบดีอากีโนจะมีเจตนาดีอย่างเห็นได้ชัด แต่กระบวนการในการจัดตั้ง ARMM ก็ยังคงมีช่องโหว่อยู่มาก และที่สำคัญกลุ่ม MNLF ก็ไม่ได้มีส่วนร่วมในการเจรจาหารือในครั้งนี้ด้วย ซึ่งเมื่อมีการลงประชามติในปี 1989 ผลการโหวตก็เป็นไปตามการคาดหมายคือ มีเพียง 4 จังหวัด จากทั้งหมด 13 จังหวัดที่โหวตต้องการปกครองตนเอง และไม่มีจังหวัดใดเลยจากที่เหลืออีก 9 จังหวัดที่โหวตสนับสนุนมติดังกล่าว ดังนั้น ARMM ก็ยังคงไม่ได้รับการสนับสนุนที่เพียงพอ อีกทั้งยังมีอำนาจที่จำกัด และมีเงินทุนค่อนข้างต่ำ พัฒนาการดังกล่าวจึงไม่ค่อยมีผลมากนักต่อการยุติปัญหาความขัดแย้งที่ดำเนินมายาวนาน 
      	ในปี 1992 นายฟิเดล รามอส (Fidel Ramos) ได้เข้ามาดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีฟิลิปปินส์ต่อจากอากีโน ภายหลังเข้ารับตำแหน่งได้ไม่นาน เขาก็ได้รื้อฟื้นการเจรจากับกลุ่ม MNLF อีกครั้งหนึ่ง ซึ่งตามมาด้วยการลงนามร่วมกันในรายงานคำแถลงการณ์ความเข้าใจ (a statement of understanding) ระหว่างรัฐบาลฟิลิปปินส์ และกลุ่ม MNLF ณ ประเทศลิเบีย ซึ่งนับเป็นอีกครั้งหนึ่งที่ลิเบียได้เข้ามามีบทบาทสำคัญในการไกล่เกลี่ยปัญหาร่วมกับ OIC ที่กลับมามีบทบาทที่สำคัญอีกครั้งในฐานะผู้ช่วยดำเนินการเจรจาให้บรรลุผลสำเร็จ
      	ท้ายที่สุด ผลที่ตามมาของการเจรจาระหว่างรัฐบาลฟิลิปปินส์และกลุ่ม MNLF ก็คือการลงนามในสนธิสัญญาสันติภาพร่วมกันระหว่าง Misuari และเอกอัครราชทูต Yan (as chair of the government of Philipines Peace Panel) ในวันที่ 2 กันยายน 1996 ณ กรุงจาการ์ต้า (Jakarta) ประเทศอินโดนิเซีย  อันเป็นการยุติสงครามที่ต่อสู้กันมานานถึง 24 ปี ซึ่งส่งผลให้มีผู้เสียชีวิต120,000 คน และทำให้รัฐเสียค่าใช้จ่ายไปอย่างน้อย 3,000 ล้านเหรียญสหรัฐฯ  สาระสำคัญของสนธิสัญญาสันติภาพคือการจัดตั้งเขตพิเศษว่าด้วยสันติภาพและการพัฒนา ( Special Zone of Peace and Development : SZOPAD) และ สภาส่งเสริมสันติภาพและการพัฒนาพื้นที่ภาคใต้ของฟิลิปปินส์ (Southern Philippines Council for Peace and Development: SPCPD) ข้อตกลงดังกล่าวนี้เป็นที่น่ายินดีเป็นอย่างมาก ซึ่งเป็นที่คาดการณ์กันในขณะนั้นว่าอาจนำไปสู่การยุติความขัดแย้งที่ดำเนินมาหลายทศวรรษ ตลอดจนนำมาซึ่งความสงบสุขที่ถาวร

สนธิสัญญาสันติภาพปี 1996

      	ข้อตกลงปี 1996 ซึ่งบรรยายไว้ในหัวข้อย่อยของข้อตกลงว่าเป็น “ข้อตกลงขั้นสุดท้ายตามข้อตกลงทริโปลี ปี1976” เพื่อการจัดตั้ง SZOPAD ที่ประกอบไปด้วย 14 จังหวัด และ 9 เมือง ซึ่งระบุในข้อตกลงทริโปลี ทั้งนี้เพื่อเน้นการดูแลการพัฒนาในพื้นที่ดำเนินการ โดยสภาเพื่อสันติภาพและการพัฒนาในฟิลิปปินส์ภาคใต้ (SPCPD) นำโดยนาย Misuari โดยมีระยะเวลาการบริหาร 3 ปี หลังบริหารงานครบ 3 ปี ประชาชนใน 4 จังหวัดและอีก 9 เมืองจะลงประชามติเกี่ยวกับการปกครองตนเอง
      	SPCPD ประกอบไปด้วยประธาน 1 คน รองประธาน 1 คน และผู้ช่วยประธานอีก 3 คน ซึ่งทั้ง 3 คน จะเป็นตัวแทนของชุมชนมุสลิม ชุมชนคริสเตียน และชุมชนวัฒนธรรม  SPCPD ได้รับมอบหมายอำนาจในการควบคุมดูแลหรือให้การปรึกษาการปฏิบัติงานของหน่วยงานราชการให้เป็นไปอย่างเหมาะสมในการเข้ามาเกี่ยวข้องกับกิจการต่าง ๆ ในการสร้างสันติภาพและการพัฒนาในพื้นที่ (ของ SZOPAD) หน่วยงานดังกล่าวประกอบไปด้วย SPDA ที่ตั้งขึ้นมาโดยรัฐบาลของมาร์กอส ซึ่งมีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริมการพัฒนาในมินดาเนา (ในทางปฏิบัติการพัฒนาดังกล่าวเป็นไปในลักษณะที่ให้ผลประโยชน์ต่อชาวคริสเตียนในมินดาเนามากกว่าชาวมุสลิมในพื้นที่) สำนักงานกิจการมุสลิม (Office of Muslim Affairs : OMA) สำนักงานชุมชนวัฒนธรรมภาคใต้ (Office of Southern Cultural Communities) กลุ่มวางแผนการพัฒนาพิเศษ (Special Development Planning Group) ซึ่งเป็นหน่วยงานเฉพาะกิจของรัฐบาลจากกรมส่งเสริมด้านการค้าและอุตสาหกรรม และหน่วยงานพัฒนาเศรษฐกิจแห่งชาติ (National Economic and Development Authority) กรมโยธาสาธารณะและการเคหะ และหน่วยงานอื่น ๆ ส่วนหน่วยงานรัฐบาลท้องถิ่นในพื้นที่ ซึ่งรวมถึง ARMM นั้นจะยังคงอยู่ภายใต้กฏหมายแห่งชาติที่ใช้อยู่ขณะนั้น 

ภาระหน้าที่และอำนาจของ SPCPD นั้น มีแหล่งที่มาและเป็นส่วนขยายจากอำนาจของประธานาธิปดี โดยที่เงินทุนในการดำเนินการของ SPCPD และหน่วยงานย่อยอื่น ๆ ของ SPCPD ในระยะเริ่มต้นจะได้การสนับสนุนจากสำนักงานประธานาธิปดี

      	ในข้อตกลงยังได้มีการเห็นพ้องในการจัดตั้งสภาที่ปรึกษา (Consultative assembly) ขึ้น โดยประกอบไปด้วยสมาชิก 81 คน มีประธาน SPCPD เป็นหัวหน้า ผู้ว่าราชการและรองผู้ว่าราชการจาก ARMM ผู้ว่าราชการจากทั้ง14 จังหวัด และนายกเทศมนตรีทั้ง 9 เมืองจากเขต SZOPAD  และ 44 คนจากสมาชิก MNLF และอีก 11 คนที่เป็นตัวแทนขององค์กรพัฒนาเอกชน (NGO) และ องค์กรภาคประชาชนต่าง ๆ  
	สภาที่ปรึกษามีภารกิจและหน้าที่ดังต่อไปนี้

1. เพื่อเป็นเวทีสำหรับการปรึกษาหารือกันและหาช่องทางแก้ไขในประเด็นปัญหาต่าง ๆ 2. เพื่อเป็นเวทีในการจัดทำประชาพิจารณ์ซึ่งเป็นสิ่งที่จำเป็น และเพื่อให้คำแนะนำที่เหมาะสมต่อ SPCPD 3. เพื่อกำหนดและเสนอแนะนโยบายต่าง ๆ ต่อประธานาธิบดี โดยผ่านประธาน SPCPD และเพื่อสร้างกฎข้อบังคับบางประการที่จำเป็นสำหรับการบริหารกิจการในพื้นที่ให้มีประสิทธิภาพและสมรรถภาพ

      	SPCPD ยังไดัรับความช่วยเหลือเกี่ยวกับกิจการด้านศาสนาจาก Darul Iftah (สภาที่ปรึกษากิจการด้านศาสนา) ซึ่งถูกแต่งตั้งขึ้นมาโดยประธาน SPCPD 

ส่วนองค์การการประชุมอิสลามได้รับการขอร้องให้สนับสนุนการนำเอาข้อตกลงไปปฏิบัติใช้ และเข้าร่วมเป็นคณะกรรมาธิการตรวจสอบร่วม (Join Monitoring Committee) (ร่วมกับฝ่ายรัฐบาลฟิลิปปินส์และกลุ่ม MNLF) ซึ่งก่อตั้งขึ้นมาเพื่อควบคุมดูแลข้อตกลงหยุดยิงและกระบวนการเจรจา OIC ได้ช่วยทำหน้าที่เป็นผู้สังเกตการณ์และผู้ตรวจสอบการหยุดยิงชั่วคราว และได้ส่งกองกำลังสันติภาพอินโดนีเชียเข้ามาประจำการ)

     	 ลักษณะเด่นในข้อตกลงสันติภาพปี 1996 นั้นอยู่ที่การนำเอาอดีตนักรบของกลุ่ม MNLF ( หรือ กองทัพ Bangsa Moro: Bangsa Moro Army) 1,500 คน เข้าร่วมกับกรมตำรวจแห่งชาติ ( Philippine National Police : PNP) และอีก 250 คน เข้าร่วมกองกำลังเสริมหรือกองกำลังพิเศษ และอีก 5750 คน ซึ่งเป็นอดีตนักรบของ MNLF เข้าร่วมกับกองทัพฟิลิปปินส์ ( Armed Force of the Philippines : AFP) (นอกจากนี้ยังมีการตกลงที่จะจัดตั้งหน่วยรักษาความปลอดภัยเฉพาะกิจของ AFP และ PNP โดยมีอดีตนักรบของกลุ่ม MNLF ทำหน้าที่ปฏิบัติการประจำหน่วยนี้ ทั้งนี้เพื่อรักษาความปลอดภัยและปกป้องเจ้าหน้าที่ SPCPD 

ในช่วงระยะเปลี่ยนผ่าน นักรบของ MNLF จะเข้าร่วมเป็นหน่วยกองกำลังหนึ่งของรัฐบาล แต่จะยังไม่ได้เป็นหน่วยเดียวกับ AFP จนกว่าความไว้เนื้อเชื่อใจระหว่างกันจะเกิดขึ้น และจนกว่า MNLF จะปฏิบัติตามข้อตกลงเบื้องต้นที่จะเข้าเป็นสมาชิกของ AFP

      	สำหรับตำแหน่งรองผู้บัญชาการทหารสูงสุดในเขตบัญชาการพื้นที่ภาคใต้ จะได้รับการแต่งตั้งขึ้นมา โดยคัดเลือกมาจากสมาชิกในกลุ่ม MNLF ทั้งนี้เพื่อเข้ามามีส่วนร่วมในการบังคับบัญชา การบริหาร และควบคุมหน่วยกองกำลังต่าง ๆ
     	 นอกจากนี้ยังมีโครงการพัฒนาในด้านสังคมเศรษฐกิจ วัฒนธรรม และการศึกษา ขึ้นเป็นพิเศษ ให้กับกองกำลังของกลุ่ม MNLF เพื่อเป็นการช่วยพวกเขาและครอบครัว ให้ได้รับการศึกษาที่ดีขึ้น ตลอดจนเพื่อส่งเสริมให้พวกเขามีความเชี่ยวชาญด้านเทคนิค และอบรมแนวทางการดำรงชีวิตที่ดีขึ้น 
      	การดำเนินการตามข้อตกลงสันติภาพปี 1996 นั้น แบ่งออกเป็น 2 ระยะด้วยกัน โดยระยะที่ 1 จะครอบคลุมระยะเวลา 3 ปี ตั้งแต่มีการลงนามร่วมกันในข้อตกลง และการออกคำสั่งโดยฝ่ายบริหารให้มีการจัดตั้ง SZOPD SPCPD และสภาที่ปรึกษา ในขณะเดียวกันก็จะได้มีการร่างบัญญัติทางกฎหมายขึ้นมาใหม่เพื่อลบล้างหรือแก้ไขพระราชบัญญัติว่าด้วยการจัดระเบียบองค์กรของรัฐ (organic act) (RA6734) (ซึ่งเป็นบทบัญญัติที่รองรับให้มีการจัดตั้ง ARMM ขึ้นมาในปี 1987) เพื่อรวมเอาบทบัญญัติที่เกี่ยวข้องในข้อตกลงสันติภาพขั้นสุดท้าย (Final Peace Agreement) และการขยายเขตปกครองตนเองของ ARMM เข้าไว้ด้วยกัน
      	บทบัญญัติใหม่ดังกล่าวนี้ได้ผ่านการรับรองจากสภาคองเกรส และได้รับการอนุมัติจากประธานาธิบดี ซึ่งได้ถูกยืนเสนอเพื่อการลงประชามติในเขต SZOPAD ที่จะมีขึ้นภายใน 2 ปีหลังจากการจัดตั้ง SPCPD (ก่อนเดือนกันยายน1998) ดังนั้นอาณาเขตสำหรับเขตปกครองตนเองใหม่นี้จะถูกกำหนดขึ้นใหม่อีกครั้ง โดยมีผลการโหวตของแต่ละจังหวัดและเขตต่าง ๆ เป็นตัวตัดสิน 
      	บทบัญญัติสำหรับ ARMM ใหม่นั้นถูกรวมเข้าไว้ในข้อตกลง ซึ่งมีรายละเอียดดังนี้คือ มีการจัดตั้งคณะกรรมการฝ่ายบริหาร (executive council) สภานิติบัญญัติ (legislative assembly) และระบบการบริหารจัดการ สภานิติบัญญัติที่จัดตั้งขึ้นจะมีลักษณะเหมือนกับหน่วยงานราชการท้องถิ่นอื่น ๆ ในฟิลิปปินส์ ที่ประกอบไปด้วยสมาชิกที่ได้รับเลือกมาจากเขตต่าง ๆ (เขตละ 3 คน) และ ตัวแทนจากภาคส่วนต่าง ๆ (ร้อยละ 15 จากจำนวนสมาชิกที่ได้รับเลือก)  ซึ่งถูกแต่งตั้งขึ้นมาโดยหัวหน้ารัฐบาลในเขตปกครองตนเอง โดยการเสนอชื่อขึ้นมาจากภาคส่วนต่าง ๆ จากกลุ่มแรงงาน คนพิการ กลุ่มอุตสาหกรรม ชุมชนวัฒนธรรมที่มีถิ่นกำเนิดอยู่ที่นั่น กลุ่มเยาวชน กลุ่มสตรี กลุ่ม NGO กลุ่มเกษตรกร และกลุ่มอื่น ๆ 
      	ส่วนเป้าหมายของการจัดตั้งสภานิติบัญญัติขึ้นนั้นก็เพื่อทำให้เกิดอำนาจนิติบัญญัติในเขตการปกครองตนเอง แต่จะไม่รวม 13 พื้นที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้ กิจการต่างประเทศ ความมั่นคงและการป้องกันแห่งชาติ การไปรษณีย์ การผลิตเหรียญกระษาปณ์ การคลังและนโยบายการเงิน การให้ความยุติธรรม (ยกเว้นกรณีเรื่องราวที่เกี่ยวข้องกับหลักชารีอะฮ์ (กฎหมายอิสลาม) การกักด่าน การกำหนดพิกัดและอัตราศุลกากร ความเป็นพลเมือง การเข้าเมืองและการเนรเทศ การตรวจสอบบัญชีทั่วไป การไตร่สวนคดี ราชการพลเรือนและการเลือกตั้ง การค้าระหว่างประเทศ การขนส่งนอกเหนือเขตปกครอง สิทธิบัตรและการจดทะเบียนลิขสิทธิ์
      	สำหรับพลเมืองในเขตปกครองตนเองจะได้รับการรับรองถึงสิทธิการเป็นตัวแทนและการมีส่วนร่วมในรัฐบาลแห่งชาติ และองค์กรทั้งหมดของรัฐ อย่างน้อยที่สุดจะมีสมาชิกหนึ่งคน ( ที่มาจากการเสนอแนะของหัวหน้าในเขตปกครองตนเอง) ประกอบอยู่ในคณะรัฐมนตรี และตัวแทนหนึ่งคนร่วมอยู่ในสภาคองเกรสในฐานะตัวแทนของประชาชนภาคส่วนต่างๆ ทั้งนี้หัวหน้าในเขตปกครองตนเองจะมีสถานะภาพเป็นสมาชิกสภาความมั่นคงแห่งชาติ (National Security Council)โดยตำแหน่ง เพื่อร่วมพิจารณาในทุกกรณีที่เกี่ยวข้องและอาจส่งผลกระทบต่อเขตปกครองของตน 
      	สำหรับระยะที่ 2 เป็นการดูแลควบคุมการจัดตั้งกองกำลังรักษาความปลอดภัยพิเศษส่วนภูมิภาค (Special Regional Security Forces: SRSF) ในเขตปกครองตนเอง (ในทางปฏิบัติก็คือหน่วยบัญชาการPNP แห่งภูมิภาค) ซึ่งประกอบไปด้วย หน่วย PNP ในพื้นที่ปกครองตนเอง กลุ่ม MNLF และพลเมืองอื่นๆ ทั้งนี้เพื่อรักษาสันติภาพ ความสงบเรียบร้อย และเพื่อปกป้องเสรีภาพ ตลอดจนชีวิตและทรัพย์สิน ภายในภูมิภาค (ทั้งนี้บัญญัติสำหรับการจัดตั้ง SRSF เป็นบัญญัติหนึ่งที่มีความสำคัญมากในข้อตกลงทริโปลี) 
      	นอกจากนี้ในข้อตกลงยังได้ระบุถึงการปรับระบบการศึกษาแบบบูรณาการ ซึ่งจะเน้นหนักในการรักษาไว้ซึ่งอุดมการณ์แห่งชาติฟิลิปปินส์และอิสลาม ( แต่จะใช้หลักสูตรขั้นพื้นฐานเหมือนกันในการเรียนการสอนสำหรับเด็กฟิลิปปินส์ทั้งหมด และจะใช้ตำราเดียวกันกับที่รัฐบาลกลางกำหนด ส่วนหลักการหรือมาตรฐานแห่งจริยธรรมในอิสลามจะค่อยๆถูกบูรณาการเข้าไปในหลักสูตรหลังจากที่ได้ทำการวิจัยและศึกษา) โรงเรียนสอนศาสนา (Madaris) จะถูกจัดรวมอยู่ในระบบการศึกษาที่อยู่ภายใต้การจัดการของรัฐบาลอิสระในเขตปกครองตนเอง (the Regional Autonomous Government) ภาษาอาหรับถูกอนุมัติให้เป็นภาษากลางในการเรียนการสอนในโรงเรียนสอนศาสนา และสถาบันอิสลามอื่นๆ อย่างไรก็ตาม การสอนภาคศาสนาในโรงเรียนเอกชนนั้นถือเป็นทางเลือกที่แต่ละโรงเรียนจะตัดสินใจเอง)
      	ส่วนทางด้านเศรษฐกิจและการคลังในระยะที่ 2 นั้นรัฐบาลอิสระในเขตปกครองตนเองสามารถทำสนธิสัญญากู้ยืมเงินทั้งจากภายในและต่างประเทศได้อย่างอิสระ ในข้อตกลงยังได้ระบุถึงการจัดตั้งหน่วยงานธนาคารอิสลาม (Islamic Bank Unit ) ขึ้นในธนาคารกลาง และมีการร่างเค้าโครงการแบ่งปันภาษีระหว่างกัน นอกจากนี้รัฐบาลอิสระในเขตปกครองตนเองยังมีอำนาจเต็มที่ในการสำรวจ และการพัฒนาทรัพยากรแร่ธาตุของตน ตลอดจนอำนาจในการนำทรัพยากรเหล่านี้มาใช้
      	อย่างไรก็ตาม ประเด็นเกี่ยวกับบทบาทของ SPCPD และ ARMM ก็ยังคงเป็นปัญหาหนึ่งที่เกิดขึ้นตามมา ซึ่งปัญหานี้ก็ได้รับการแก้ไข เมื่อ Misuari กลับมายังฟิลิปปินส์ และได้รับการแต่งตั้งให้เป็นประธาน SPCPD ซึ่งต่อมาก็ได้รับเลือกให้ดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการ (governor) ใน ARMM 

	การลงประชามติในปี 2001 
      	ตามข้อตกลงปี 1996 แล้ว RA6734 หรือพระราชบัญญัติว่าด้วยการจัดระเบียบองค์กรของรัฐ (organic act) จะถูกยกเลิกหรือแก้ไข และจัดการลงประชามติขึ้นก่อนเดือนกันยายนปี 1998 ตามบทบัญญัติใหม่ แต่ถึงกระนั้นก็ตามกำหนดการในการลงประชามติก็ยังถูกเลื่อนออกไปถึง 2 ครั้ง
     	 จนกระทั่งในที่สุดในเดือนสิงหาคม การลงประชามติเกี่ยวกับการขยายเขต ARMM ที่รอมานานก็ได้ถูกจัดขึ้น ซึ่งผลปรากฏว่ามีเพียง 5 จังหวัด และ 1 เมือง จากทั้งหมด 14 จังหวัด 9 เมือง เท่านั้นที่โหวตสนับสนุนการขยายเขต ARMM และหลังจากการลงประชามติได้ไม่นานก็ได้มีการจัดการเลือกตั้งขึ้นใน ARMM ซึ่งในการเลือกตั้งสำหรับตำแหน่งผู้ว่าราชการ ปรากฏว่า Misauri ต้องพ่ายแพ้ให้แก่ผู้สมัครคู่แข่งของเขา ซึ่งได้รับการสนับสนุนจาก นางกลอเรีย มาคาปากัล อาร์โรโย (Gloria Macapagal Arroyo) ที่เข้ามารับตำแหน่งประธานาธิบดีคนใหม่ ด้วยเหตุนี้ Misauri จึงตัดสินใจกลับขึ้นภูเขาและเริ่มทำการโจมตีทหารของรัฐบาลอีกครั้ง ก่อนที่จะหลบหนีเข้าไปยังมาเลเซีย ซึ่งเป็นที่ที่เขาถูกจับและถูกส่งตัวกลับมายังฟิลิปปินส์ในเวลาต่อมา (พฤษภาคม 2001) และในขณะนี้เขากำลังอยู่ในระหว่างการดำเนินคดีในข้อหาก่อการกบฏ

เขตปกครองตนเองในทางปฏิบัติ

      	คงไม่เป็นที่สงสัยว่า การเจรจาที่นำไปสู่การทำสนธิสัญญาสันติภาพในปี 1996 นับเป็นความสำเร็จที่ยิ่งใหญ่ แต่ถึงกระนั้นก็ตามในความปลื้มปิติยินดี นักวิจารณ์หลายคนมักมองข้ามข้อจำกัดในสนธิสัญญานี้ อันดับแรก ข้อตกนี้ได้สร้างความวิตกกังวลให้แก่คนที่ไม่ใช่มุสลิมในเกาะมินดาเนาเป็นอย่างมาก เพราะพวกเขาต่างรู้สึกกลัวว่าจะตกอยู่ภายใต้อำนาจการปกครองของชาวมุสลิม และนี้จึงเป็นสาเหตุทำให้ Maria Clara Lobregot สมาชิกสภาหญิงและเป็นผู้นำชุมชนคริสเตียน (ต่อมาเป็นนายกเทศมนตรีประจำเมืองซัมบวงกา Zamboanga) ได้จัดการประท้วงต่อต้านข้อตกลงดังกล่าว พร้อมทั้งขู่ว่า กลุ่มรักษาความสงบที่ตั้งขึ้นเองของชาวคริสเตียนอาจจะฟื้นคืนกลับมา (หลังจากที่ได้เคยปฏิบัติการมาแล้วอย่างแข็งขันในช่วงแห่งความขัดแย้งในต้นทศวรรษที่ 1970)
      	นอกจากนี้ ในช่วงปลายปี 1996 ในสภาคองเกรสเอง ซึ่งขณะนั้นกำลังอยู่ในระหว่างการทำประชาพิจารณ์เกี่ยวกับข้อตกลงสันติภาพ ปรากฏว่ามีเสียงคัดค้านในการอนุมัติการจัดตั้งเขตปกครองตนเองขึ้นในสภา โดยมีการร้องเรียนว่า องค์กรภาคประชาสังคมกลุ่มต่าง ๆ ไม่ได้มีส่วนร่วมในการเจรจาดังกล่าว อีกทั้งประธานาธิบดีรามอสยังถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่ายอมแพ้ต่อกลุ่มมุสลิมหัวรุนแรง
      	ความเคลื่อนไหวในวุฒิสภาก็ส่งผลกระทบต่อข้อตกลงสันติภาพไม่น้อย ทั้งนี้ในการลงมติในที่ประชุมปรากฏว่า วุฒิสมาชิก 6 คน จากจำนวนทั้งหมด 24 คน (รวมประธานวุฒิสภา) โหวตไม่เห็นด้วยกับการสนับสนุนข้อตกลงสันติภาพ นอกจากนี้ สภาผู้แทนและคณะกรรมการจัดสรรงบประมาณ (House of Appropriations Committee) ยังได้ขู่จะขัดขว้างการสนับสนุนเงินทุนให้แก่ SPCPD และสภาที่ปรึกษา (consultative Assembly) และก่อนที่จะมีการลงนามในข้อตกลงขั้นสุดท้าย สมาชิกสภาคองเกรสกลุ่มหนึ่งและผู้ว่าราชการจากจังหวัดหนึ่งได้ยื่นคำร้องต่อศาลฏีกา เพื่อพยายามทำให้ข้อตกลงดังกล่าวเป็นโมฆะ 

ด้วยเหตุนี้ เมื่อมีการลงนามในพระราชกฤษฎีกาในเดือนตุลาคม 1996 จึงถือว่าข้อตกลงขั้นสุดท้ายนั้นเป็นคำสั่งที่อ่อนมากในทางกฏหมาย ดังที่นักวิจารณ์ท่านหนึ่งได้เขียนวิจารณ์ไว้ในปี1996 ว่า “ …the transitional structures [the SPCPD and Consultative Assembly] ….were too powerless to make an impact. They had very limited funding, no police powers, no control over national projects and programmes that were supposed to be within their remit , and no jurisdiction over significant sections of the bureaucracy in the region”

นอกจากนั้น ข้อตกลงที่จะให้มีสมาชิก MNLF 44 คน ประกอบอยู่ในสภาที่ปรึกษาก็ถูกยกเลิกไป และแผนการจัดตั้งหน่วยงานราชการที่ได้ระบุไว้ข้างตนให้อยู่ภายใต้การควบคุมดูแลและการปรึกษาหารือของ SPCPD ก็ถูกยกเลิกเช่นกัน ฉะนั้นตามความเป็นจริงแล้ว SPCPD จึงมีขอบเขตในการดำเนินนโยบายที่ค่อนข้างแคบ นอกจากการดำเนินการโดยผ่านสำนักงานประธานาธิบดีเท่านั้น

      	ในการเลือกตั้งของฟิลิปปินส์ปี 1998 ปรากฏว่านักการเมืองท้องถิ่นหลายคน (ที่สนับสนุนสนธิสัญญาสันติภาพ) ต้องพ่ายแพ้ไป ส่วนผู้สมัครจากสมาชิกกลุ่ม MNLF (ผู้ซึ่งสนับสนุนพรรค Lakas- NUCD ของรัฐบาลรามอส) ก็เช่นกัน ได้รับคะแนนเสียงต่ำมากในการเลือกตั้งระดับชาติ
     	 ประการที่สอง ในช่วงทศวรรษที่ 1990 กลุ่ม MILF เป็นกลุ่มที่เติบโตขึ้นอย่างมากทั้งทางด้านความแข็งแกร่ง และการปฏิบัติการเชิงรุก ซึ่งไม่ได้มีส่วนร่วมในข้อตกลงปี1996 ยืนยันจะยังคงทำการต่อสู้โดยใช้ความรุนแรงต่อไป เพื่อชาวโมโรหรือ Bangsa Moro  อย่างไรก็ตาม ถึงแม้จะมีการพยายามหลายครั้งของรัฐบาลฟิลิปปินส์ ในการเจรจาหาข้อยุติความขัดแย้งกับกลุ่ม MILF เป็นกรณีพิเศษ จนมีการลงนามร่วมกันในเดือนสิงหาคมปี 1998 ระหว่างรัฐบาลฟิลิปปินส์และกลุ่ม MILF เกี่ยวกับโครงร่างทั่วไปของข้อตกลงว่าด้วยความมุ่งมั่นที่จะยุติความขัดแย้งที่เกิดขึ้น แต่ก็ไม่มีความคืบหน้าอะไรมากนักต่อแนวทางที่จะนำไปสู่การแก้ไขปัญหาแบบสันติวิธี สถานการณ์ยิ่งเลวร้ายลงในช่วงต้นปี 2000 เมื่อ Estrada ผู้ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีต่อจากรามอส ได้ยกเลิกการเจรจากับกลุ่ม MILF พร้อมทั้งประกาศสงครามเต็มรูปแบบ (all-out war) ต่อต้านกลุ่ม MILF หลังจากที่กลุ่ม MILF ได้โจมตีชุมชนที่ไม่ใช่มุสลิมทางตอนเหนือของเมืองโคตาบาตู และมากินดาเนา 
      	ประการที่ 3 ดูเหมือนว่าในความรู้สึกของประชากรมุสลิมต่อการจัดตั้ง SZOPAD และ SPCPD นั้น ชาวมุสลิมมองว่าไม่ได้ทำประโยชน์ให้พวกเขามากอย่างที่คาดการณ์ไว้ ซึ่งความรู้สึกดังกล่าวนี้ได้แผ่ขยายและเพิ่มขึ้นในหมู่มุสลิมเป็นอย่างมาก ถึงแม้ว่าในช่วงเดือนแรกๆ หลังจากที่ได้มีการจัดตั้ง SPCPD นาย Misuari พร้อมคณะบริหารของเขาจะพยายามแสวงหาเงินลงทุนจากต่างประเทศ (โดยเฉพาะอย่างยิ่งจากประเทศสมาชิก OIC ) และความช่วยเหลือเพื่อการพัฒนาพื้นที่ซึ่งประสบความสำเร็จในบางส่วน (notably through a UN Multi-Donor Assistance Program) แต่เจ้าหน้าที่ของ ARMM ก็ยังคงร้องเรียนถึงการแบ่งสรรทรัพยากรจากรัฐบาลแห่งชาติที่ไม่เป็นธรรมและไม่พอเพียงต่อการพัฒนาพื้นที่ นอกจากนั้น Misuari ยังได้เตือนว่าหากสภาพการณ์ยังคงเป็นอยู่เช่นนี้ อดีตนักต่อสู้ของกลุ่ม MNLF อาจจะกลับขึ้นไปบนภูเขา (ในปี 1997 ได้มีรายงานว่าอดีตนักต่อสู้ของกลุ่ม MNLF ได้ถอนตัวออกจากกลุ่มของตน ไปร่วมกับกลุ่ม MILF ที่มีหัวรุนแรงกว่า) 
      	Misauri เองก็ยังต้องเผชิญกับการท้าท้าย ซึ่งเกิดขึ้นภายในกลุ่ม MNLF ของตน โดยที่โฆษกของชนเผ่าพื้นเมือง (Lumad) ได้ออกมาแสดงความไม่พอใจและกล่าวหากระบวนการที่ไม่เป็นประชาธิปไตยในการคัดเลือกตัวแทนชนเผ่าให้เข้าไปร่วมอยู่ใน SPCPD และสภาที่ปรึกษา
     	 อีกสาเหตุหนึ่งที่นำมาซึ่งความขัดแย้งได้แก่ การนำอดีตนักต่อสู้ของกลุ่ม MNLF เข้าประจำการในกองทัพฟิลิปปินส์ (AFP) ทั้งนี้ ในเดือนสิงหาคมปี 1998 สมาชิกกลุ่มแรกของ MNLF ราว 3800 คน ถูกนำเข้าประจำการในกองทัพ แต่ในที่สุดสมาชิกของ MNLF จำนวนมากก็ต้องถอนตัวออกมา ซึ่งมีการร้องเรียนว่า AFP เลือกปฏิบัติและมีอคติเรื่องชาติพันธุ์ แต่ในอีกด้านหนึ่ง สมาชิกของ AFP บางคนก็แสดงความไม่พอใจอย่างเห็นได้ชัดต่อเงื่อนไขการเข้าร่วมในกองทัพที่เสนอให้กับอดีตสมาชิกนักต่อสู้ของกลุ่ม MNLF ผู้ซึ่งในอดีตเคยเป็นศัตรูกับ AFP มานานหลายปี
      	อย่างไรก็ตามการจัดการลงประชามติก็ยังคงเป็นปัจจัยคุกคามต่อการบริหาร SZOPAD และ SPCPD เป็นอย่างมาก

สรุป

	ภายหลังจากการต่อสู้กันด้วยกำลังสลับกับการเจรจากันเป็นระลอก ๆ อยู่หลายปี ระหว่างรัฐบาลฟิลิปปินส์และกลุ่ม MNLF (ซึ่งตอนแรกเป็นเพียงกลุ่มเดียวเท่านั้น แต่ต่อมาก็ได้แตกออกเป็น 2 กลุ่มใหญ่ ๆ) ชี้ให้เห็นว่า ประเด็นความขัดแย้งในฟิลิปปินส์เป็นอีกกรณีศึกษาหนึ่งที่น่าสนใจไม่แพ้กรณี

อื่น ๆ รัฐบาลฟิลิปปินส์ (หรือคณะผู้บริหารของรัฐบาล) ประสบความสำเร็จบางส่วนในการยุติความขัดแย้งกับฝ่าย MNLF ก็เพราะแผนการจัดตั้งสถาบันใหม่ขึ้น และการใช้ OIC สมาคมอาเซียน และประเทศอินโดนีเซียเข้ามาทำหน้าที่เป็นตัวกลางในการไกล่เกลี่ย แต่ความสำเร็จในการทำสนธิสัญญาสันติภาพก็ถือเป็นเรื่องหนึ่ง ในขณะที่การที่จะทำให้สนธิสัญญาดังกล่าวเป็นผลในทางปฏิบัตินั้นก็เป็นอีกเรื่องหนึ่งที่มีความสลับซับซ้อนมากกว่า

	ความจริง ความพยายามในการแก้ไขประเด็นปัญหาความขัดแย้งระหว่างชาวมุสลิมโมโรกับรัฐบาลฟิลิปปินส์ที่ประสบกับความล้มเหลวตลอดมานับจากอดีตจนถึงปัจจุบันในส่วนที่เกี่ยวกับเขตปกครองตนเองมีปัจจัยอยู่ 2 ประการหลัก ๆ คือ

1. ศักยภาพในการดำรงอยู่ได้ด้วยตัวเองอย่างเพียง ไม่ใช่ต้องมาพึ่งพิงรัฐบาลกลาง เรื่องพื้นฐานของประเด็นนี้ก็อย่างเช่น ศักยภาพด้านการเงิน เขตปกครองตนเองของชาวมุสลิมจะดูเป็นเรื่องที่เป็นไปไม่ได้หากพวกเขาไม่ได้รับการสนับสนุนด้านการเงินภายในที่เพียงพอ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง รัฐบาลส่วนภูมิภาคที่ปกครองตนเองจะต้องมีอำนาจในการเก็บภาษีที่เพียงพอ การรอรับงบประมาณจากรัฐบาลกลางไม่สามารถแทนกันได้ 2. การชดใช้ในเรื่องความยุติธรรมสำหรับชาวมุสลิมในระดับหนึ่ง นั่นหมายความว่ารัฐบาลส่วนภูมิภาคที่ปกครองตนเองจะต้องมีอำนาจหรือความสามารถในการปรับปรุงแก้ไขสิ่งที่ไม่เป็นธรรมที่เคยเกิดขึ้นในอดีต อาทิเช่น การทอดทิ้งไม่ใส่ใจ การเลือกปฏิบัติ หรือการใช้ทรัพยากรของพวกเขาอย่างไม่เป็นธรรม ในที่นี้ไม่ได้หมายความว่าจะต้องชดใช้ด้วยเลือดกับเลือด ชีวิตกับชีวิต แต่ชาวมุสลิมคงจะไม่ยินดีกับสถานะเขตปกครองตนเองในขณะที่พวกเขายังกระจัดกระจาย ถูกเอารัดเอาเปรียบ และยังอยู่ในภาวะที่ยากจน เขตปกครองตนเองสำหรับพวกเขาจะต้องรวมถึงความสามารถที่จะเอาชนะผลกระทบจากความพิการที่เกิดจากสภาพความไม่เป็นธรรมและการถูกลดเกียรติในอดีตที่ผ่านมา